2021年12月29日 · stranded RNA-Seq 以Plus Stranded mRNA举例：首先还是以mRNA为模板进行第一链的合成，然后在利用RNaseH对杂合链中的RNA进行降解，再 利用含有dUTP 的反应液进行第二链的合成，添加接头。

2018年12月7日 · 在RNA-Seq建库的时候，第一步都是进行RNA到cDNA的反转录，在反转录以后，普通的RNA-Seq就直接使用random primer进行第2条链合成，随后加adapter。 这样构建出来的RNA-Seq库进行测序以后是分不清这个序列是来自于genome的那条链的，因为被测序的有可能是gene的foward strand ...

strand-specific or stranded RNA-seq的建库方式能够保留链的信息。 材料：whole blood RNA samples. 处理：stranded 和 non-stranded RNA-seq. 结果：stranded 和 non-stranded RNA-seq 的基因表达分析表明，stranded RNA-seq 能识别更多的差异表达基因。 这主要是因为能够更准确的估计在genomic loci有重叠，但是转录方向是相反的基因的表达水平。 建议：使用Stranded RNA-seq方式建库。 区别： （1）cDNA 合成中，第二条链合成是否使用dUTPs代替dTTPs； …

2015年9月3日 · Here, we evaluated the advantages of stranded RNA-seq in transcriptome profiling of whole blood RNA samples compared with non-stranded RNA-seq, and investigated the influence of gene overlaps on gene expression profiling results based on practical RNA-seq datasets and also from a theoretical perspective.

strand-specific or stranded RNA-seq的建库方式能够保留链的信息。 材料：whole blood RNA samples. 处理：stranded 和 non-stranded RNA-seq. 结果：stranded 和 non-stranded RNA-seq 的基因表达分析表明，stranded RNA-seq 能识别更多的差异表达基因。 这主要是因为能够更准确的估计在genomic loci有重叠，但是转录方向是相反的基因的表达水平。 建议：使用Stranded RNA-seq方式建库。 区别： （1）cDNA 合成中，第二条链合成是否使用dUTPs代替dTTPs； …

2021年8月10日 · In a nutshell, stranded RNA-Seq (also referred to as strand-specific or directional RNA-Seq) enables you to determine the orientation of the transcript, whereas this information is lost in non-stranded, or standard, RNA-Seq.

2024年10月18日 · 链特异性测序（Strand-specific RNA-Seq）是RNA测序（RNA-Seq）的一种改进方法，记录每条测得的序列来自RNA的正义链（sense strand）还是反义链（antisense strand）。链特异性测序是解析复杂转录组的一项重要技术，尤其在基因重叠、反义RNA和基因簇分析中具有显著优势。

To address these issues, we developed how_are_we_stranded_here, a Python library that helps to quickly infer strandedness of paired-end RNA-Sequencing data. Testing on both simulated and real RNA-Sequencing reads showed that it correctly measures strandedness, and measures outside the normal range may indicate sample contamination.

Here, we developed a comprehensive computational pipeline to compare library quality metrics from any RNA-Seq method. Using the well-annotated Saccharomyces cerevisiae transcriptome as a benchmark, we compared seven library construction protocols, including both published and our own novel methods.

2010年8月15日 · Strand-specific, massively parallel cDNA sequencing (RNA-seq) is a powerful tool for transcript discovery, genome annotation and expression profiling. There are...